保健食品加工历程常用的灭菌要领包括湿热灭菌法（含流通蒸汽灭菌、热压灭菌）、辐照灭菌法、微波灭菌法、过滤除菌法、瞬间高温灭菌法等。
一、湿热灭菌法
湿热灭菌法为热力灭菌中最有效，应用最广泛的灭菌要领，固体制剂、口服液以及遇高温和湿润不爆发变革或破坏的原料或制品，均可接纳本法灭菌，要害工艺参数为温度、时间。
二、微波灭菌法
微波灭菌法是以热效应和非热效应配相助用，使物品内外均匀迅速升温实现灭菌，目前主要用于粉末状或细小颗粒状原料及制品的灭菌，要害工艺参数为微波频率、时间。
三、过滤除菌法
过滤除菌法利用细菌不可通过致密具孔滤材的原理以除去液体中微生物的要领，常用于含热不稳定身分的液体除菌，要害工艺参数为滤材孔径（一般≤0.22μm）。
四、辐照灭菌法
辐照灭菌法最常用的为60Co-γ射线辐照灭菌，主要适用于辐照灭菌条件下不易爆发质量变革的固体原料及终产品，要害工艺参数为辐照源、辐照剂量。
紫外杀菌可用于外貌消毒，一般不必于终产品或原料灭菌。
五、瞬间高温灭菌法
瞬间高温灭菌法是为有效地保存待灭菌液体物料的功效身分，将液体在关闭的系统经高温、短时处理后迅速冷却至室温的一种要领，主要用于饮料的灭菌，要害工艺参数为温度、时间。本法需综合考虑产品pH值、初始染菌情况、生产情况与保质期需求，并应与无菌灌装工艺配合使用。其中超高温瞬时灭菌法通常接纳130～150℃，3～5s。
别的，另有气体灭菌法等。臭氧具有强氧化性且不具穿透力无法包管产品质量稳定，环氧乙烷、甲醛毒副作用明显，均不属于 GB2760《食品宁静国家标准 食品添加剂使用标准》划定的加工助剂，不得用于保健食品原料及制品灭菌。